Родился в 1921 году в селе Викулово Тюменской области. В 1936 году родители его перехали в село Называевское Омской области. Здесь Гапоненко окончил среднюю школу. Учился в Омском сельскохозяйственном институте и одновремено в аэроклубе. Когда началась Великая Отечественная война. он со второго курса института ушел добровольцем в военную школу пилотов. В 1942 году под Москвой вступил в бой с гитлеровскими захватчиками. Прошел боевой путь от рядового летчика до командира авиаэскадрильи. Воевал на Западном, 1-м Прибалтийском, 3-м Белорусском фронтах. Участвовал в штурме Кенигсберга. Награжден: двумя орденами Ленина, двумя орденами Красного Знамени, орденами Отечественной войны I и II степени, орденом Красной Звезды и многими медалями. После войны работал летчиком-испытателем. В 1956 году окончил военно-воздушную академию. За образцовое выполнение заданий в конце 1957 года Указом Президиума Верховного Совета СССР ему присвоено звание Героя Советского Союза.